ในการทำสวนหลังคาที่ต้องมีการปลูกต้นไม้ใหญ่ หรือ การทำกระบะต้นไม้ หรือ "Planter Box" สามารถทำได้โดยการหล่อปูนขึ้นรูปเป็นกระบะ เพื่อรองรับดินและต้นไม้ โดยกระบะมีความลึกได้ตั้งแต่ 20 cm. ไปจนถึง 2-3 m. หรือมากกว่า ขึ้นอยู่กับชนิดและความสูงของต้นไม้ ทั้งนี้ การทำกระบะต้นไม้ "Planter Box" สิ่งสำคัญคือระบบต้องมีการระบายน้ำได้ดี มิฉะนั้นอาจทำให้เกิดการเอ่อล้นของน้ำออกมานอกกระบะได้ ดังนั้น การใช้ตะแกรงระบายน้ำ "Drainage Cell" เช่น ผลิตภัณฑ์ "GrasCell DC30
ในการจัดสวนบนหลังคา สิ่งที่ต้องคำนึงถึงเป็นอันดับแรกคือ ระบบกันซึม เนื่องจากหากเรามีระบบกันซึมที่ไม่ได้มาตรฐาน อาจทำให้เกิดการรั่วซึมได้ง่าย ซึ่งหากมีการจัดสวนไปแล้ว อาจเกิดการรั่วซึม และส่งผลให้ต้องมีการรื้อสวนออกมาเพื่อแก้ไข ซึ่งอาจทำให้เกิดความเสียหาย เสียเงิน และเสียเวลา เป็นต้น โดยระบบกันซึมที่ดี จะต้องมีการรับรองมาตรฐาน ทั้งในด้านประสิทธิภาพกันป้องกันการรั่วซึม รวมไปถึงประสิทธิภาพในการกันรากไม้ เนื่องจากการปลูกต้นไม้ หากเป็นต้นไม้ใหญ่ ตัวรากอาจจะชอนไชไปทำลายโครงสร้างพื้นดาดฟ้าได้ ทั้งนี้ ระบบกันซึมชนิดแผ่น (Waterproofing Membrane) ถือเป็นหนึ่งในตัวเลือกที่น่าสนใจสำหรับการทำระบบกันซึมเพื่อจัดสวนหลังคา ตัวอย่างเช่น FDT Waterproofing Membrane ระบบแผ่นกันซึมหลังคา จากประเทศเยอรมัน
